Kota Samarinda dibentuk berdasarkan Undang – Undang Republik Indonesia Nomor 27 tahun 1959 dan didirikan pada tanggal 21 Januari 1960, berdasarkan Undang – Undang Darurat Nomor 3 Tahun 1953, Lembaran Negara Nomor 97 Tahun 1953 tentang Pembentukan Daerah – Daerah Tingkat II Kabupaten / Kotamadya di Kalimantan Timur. Semula Kodya Dati II Samarinda terbagi atas 3 kecamatan, yaitu: Kecamatan Samarinda Ulu, Samarinda Ilir dan Samarinda Seberang. Kemudian dengan SK Gubernur Kepala Daerah Tingkat I Kalimantan Timur No. 18/SK/TH-Pem/1969 dan SK No. 55/TH-Pem/SK/1969, terhitung sejak tanggal 1 Maret 1969, wilayah administrative Kodya Dati II Samarinda dengan 4 kecamatan yaitu: Kecamatan Palaran, Sanga – Sanga, Muara Jawa dan Samboja (Luas sekitar 2.727 km²). Saat ini pembagian kecamatan di Samarinda tidak termasuk Sanga – Sanga, Muara Jawa dan Semboja, ketiganya masuk dalam Kabupaten Kutai Kartanegara. Pada tanggal 21 januari 1960 merupakan awal dari wilayah Kecamatan Samarinda Ilir. Kecamatan Samarinda Ilir berdomisili di Jalan Pulaun Irian Kelurahan Karang Mumus. Kecamatan Samarinda Ilir membawahi beberapa Kelurahan dan Desa, yaitu: 1. Kelurahan selili 2. Kelurahan Sungai Dama 3. Kelurahan Sidomulyo 4. Kelurahan Karang Mumus 5. Kelurahan Pelabuhan 6. Kelurahan Pasar Pagi 7. Kelurahan Sungai Pinang Luar 8. Kelurahan Sungai Pinang Dalam 9. Kelurahan Sempaja 10. Desa Lempake Kecamatan Samarinda Ilir pertama kali dipimpin oleh Bapak Muhammad Yusuf Djafrie, BA dan yang menjadi Walikota pada saat tersebut adalah Bapak Kapten Soedjono AJ. Kemudian pada tahun 1987 tepatnya pada tanggal 13 Oktober 1987 Presiden Republik Indonesia Bapak Soeharto menetapkan Peraturan Pemerintah Republik Indonesia Nomor 27 tahun 1987 tentang batas wilayah Kotamadya Daerah Tingkat II Samarinda. Untuk terwujudnya tertib pemerintahan dan pembinaan wilayah, maka wilayah Kotamadya Daerah Tingkat II Samarinda ditata kembali menjadi 4 wilayah Kecamatan yaitu: 1. Kecamatan Samarinda Ilir 2. Kecamatan Samainda Ulu 3. Kecamatan Samarinda Seberang 4. Kecamatan Palaran Sesuai dengan Peraturan Pemerintah Republik Indonesia nomor 27 tahun 1987 tersebut Kecamatan Samarinda Ilir membawahi 9 Kelurahan dan 4 Desa yaitu: 1. Kelurahan Karang Mumus 8. Kelurahan Sungai Pinang Dalam 2. Kelurahan Selili 9. Kelurahan Sempaja 3. Kelurahan Sungai Dama 10. Desa Lempake 4. Kelurahan Sidomulyo 11. Desa Sungai Kapih 5. Kelurahan Pelabuhan 12. Desa Sambutan 6. Kelurahan Pasar Pagi 13. Desa Pulau Atas 7. Kelurahan Sungai Pinang Luar Sebelum diterbitkannya Peraturan Pemerintah Nomor 38 tahun 1996, Kecamatan Samarinda Ilir sudah beberapa kali mengalami pergantian pucuk pimpinan. Setelah diterbitkannya PP Nomor 38 Tahun 1996, wilayah administrative mengalami pemekaran, semula terdiri dari 4 Kecamatan dimekarkan menjadi 6 kecamatan yaitu: 1. Kecamatan Sungai Kunjang dengan 7 Kelurahan 2. Kecamatan Samarinda Ulu dengan 8 Kelurahan 3. Kecamatan Samarinda Utara denga 6 Kelurahan 4. Kecamatan Samarinda Ilir dengan 13 Kelurahan 5. Kecamatan Samarinda Seberang dengan 8 Kelurahan 6. Kecamatan Palaran dengan 5 Kelurahan 13 Kelurahan yang masuk dalam wilayah kecamatan Samarinda Ilir adalah: 1. Kelurahan Pasar Pagi 8. Kelurahan Selili 2. Kelurahan Pelabuhan 9. Kelurahan Sambutan 3. Kelurahan Karang Mumus 10. Kelurahan Sungai Kapih 4. Kelurahan Sungai Pinang Luar 11. Kelurahan Makroman 5. Kelurahan Sidomulyo 12. Kelurahan Pulau Atas 6. Kelurahan Sungai Dama 13. Kelurahan Sindang Sari 7. Kelurahan Sidodamai Kemudian Pemerintah Kota Samarinda kembali mengadakan pemekaran kecamatan sesuai dengan PP Nomor 2 Tahun 2010, yang semula 6 kecamatan dimekarkan menjadi 10 kecamatan sampai sekarang yaitu: 1. Kecamatan Sungai Kunjang 6. Kecamatan Palaran 2. Kecamatan Samarinda Ulu 7. Kecamatan Sambutan 3. Kecamatan Samarinda Utara 8. Kecamatan Sungai Pinang 4. Kecamatan Samarinda Ilir 9. Kecamatan Samarinda Kota 5. Kecamatan Samarinda Seberang 10. Kecamatan Loa Janan Ilir Kecamatan Samarinda Ilir yang semula membawahi 13 Kelurahan kini hanya membawahi 5 Kelurahan yaitu: 1. Kelurahan Sidomulyo 2. Kelurahan Selili 3. Kelurahan Sungai Dama 4. Kelurahan Sidodamai 5. Kelurahan Pelita Sejak pemekaran tersebut Kantor Kecamatan Samarinda Ilir yang semula berada di Jl. Sultan Sulaiman Sambutan berpindah kantor ke Jl. Marsda A. Saleh No.49 RT.40 sampai sekarang. Pada saat ini luasw wilayah Kecamatan Samarinda Ilir adalah ± 1.772 km² yang terdiri dari wilayah dataran, pegunungan dan sungai. Batas – batas wilayah kecamatan samarinda ilir adalah: Utara : berbatasan dengan Kelurahan Sungai Pinang Dalam Selatan : berbatasan dengan sungai Mahakam Barat : berbatasan dengan Sungai Karang Mumus Timur : berbatasan dengan Kelurahan Sambutan
